Hrvatsko gastroenterološko društvo (HGD) osnovano je 17. listopada 1992. i upisano je u Registar udruga Republike Hrvatske. Hrvatska se gastroenterologija, međutim, organizirano razvija dugi niz godina, a kao početak se može smatrati osnivanje gastroenterološkog odjela unutar Klinike za unutrašnje bolesti Rebro godine 1952. pod vodstvom profesora Laszla Kallaia.

Danas sve državne i županijske bolnice u Hrvatskoj imaju organizirane gastroenterološke odjele i endoskopsku službu. Društvo zasniva svoj rad na radu sekcija koje se, sukladno statutarnim odredbama, bave užim područjima unutar gastroenterologije. Brojni članovi društva sudjeluju u dodiplomskoj I postdiplomskoj nastavi na hrvatskim sveučilištima. HGD je dalo značajan doprinos u razvoju programa uže specijalizacije iz gastroenterologije u Hrvatskoj. HGD je član nekoliko eminentnih međunarodnih udruga, a pojedine sekcije i individualni članovi HGD su članovi brojnih specijalističkih europskih i svjetskih udruga.